亚马逊泥龟分布在美国科罗拉多州的下游和亚利桑那州的Gila河、新墨西哥洲向南到被大陆分割的Rio Yaqui 盆地，向东穿过Chihuahua 西北方的Rio Casas Grandes盆地。
亚马逊泥龟出现在海拔2042米高的区域内，永久的小溪、河流、池塘、沟渠和水穴中。时常出没在林地，只有少数的会进入暂时性的水域里。在亚利桑那州东南部的Chiricahua山脉，580只索诺拉泥龟中90%的个体在水池中被捕获。5%的个体在溪池中被捕获，还有5%的在陆地上被抓获。
亚马逊泥龟偶尔也会从一个水域迁移到另一个水域，这也许象征着它们暂时出没的池塘与永久性的水域之间不会远离8公里。
