人工着色的苦艾酒或清澈透明的苦艾酒既美观又稳定，可以装瓶在透明的玻璃瓶中。天然着色的苦艾酒如果长时间暴露光线或空气中，其中的叶绿素会逐渐变成氧化，颜色从绿色逐渐变成黄绿色，并最终变成棕色。在苦艾酒遭禁以前，这种自然现象是十分有利的，因为它可以证实被怀疑有问题的产品是天然着色的，还是使用了有可能是有毒的化学物质人工着色的。可以预见的是，上年头的苦艾酒由于几十年的缓慢氧化，在密封瓶中呈现显着琥珀色。虽然这种颜色上的变化对苦艾酒的味道并无不良影响，人们普遍还是希望保留原来的颜色，这就需要使用深色，耐光的酒瓶来装天然着色的苦艾。如果需要存放数十年之久，苦艾酒必须存放在阴凉（室温即可），干燥的地方，远离光热。苦艾酒不应该被存放在冰箱或冰柜中，因为会导致茴香脑在瓶内聚合，形成一个不可逆转的沉淀，对原有风味造成不利影响。
